Tarkastusvirastoa johtaa eduskunnan valitsema pääjohtaja, jonka toimikausi on kuusi vuotta.
Tarkastusviraston pääjohtajana toimii kaudella 2016–2021 Tytti Yli-Viikari. Pääjohtaja vahvistaa tarkastussuunnitelman ja päättää eduskunnalle annettavista kertomuksista sekä tarkastusohjeista.
VTV:n ylimpään johtoon kuuluvat pääjohtaja Tytti Yli-Viikarin lisäksi johtaja Matti Okko, johtaja Anna-Liisa Pasanen ja johtaja Jaakko Eskola.
