Tarkastusvirastoa johtaa eduskunnan valitsema pääjohtaja, jonka toimikausi on kuusi vuotta.
Tarkastusviraston pääjohtajana toimii kaudella 2022–2027 Sami Yläoutinen. Pääjohtaja vahvistaa tarkastussuunnitelman sekä päättää eduskunnalle annettavista kertomuksista ja tarkastusohjeista.
Tarkastusviraston johtoon kuuluvat pääjohtajan lisäksi vaikuttavuusalueiden johtajat, oppimiskeskusten johtajat, hallinnosta ja resursseista vastaava johtaja ja oikeudellisista asioista ja viraston johtamisjärjestelmästä vastaava johtaja.
Vaikuttavuusalueiden johtajat:
Matti Okko (Kestävä julkinen talous)
Tuula Varis (Kestävä hallinnon kehittäminen)
Anna-Liisa Pasanen (Hyvinvoiva ja turvallinen yhteiskunta)
Jaakko Eskola (Toimiva tiedonhallinta)
Oppimiskeskusten johtajat:
Riitta-Liisa Heikkilä (Tulevaisuuden talous)
Pirkko Lahdelma (Digitalisaatio)
Leena Juvonen (Menetelmät)
Heli Nikander (Vaikuttava asiakastyö)
Hallinnosta ja resursseista vastaava johtaja: Tuula Sandholm
Oikeudellisista asioista ja viraston johtamisjärjestelmästä vastaava johtaja: Mikko Koiranen (poissa toistaiseksi)