Tarkastusvirastoa johtaa eduskunnan valitsema pääjohtaja, jonka toimikausi on kuusi vuotta.
Tarkastusviraston pääjohtajana toimii kaudella 2016–2021 Tytti Yli-Viikari. Pääjohtaja vahvistaa tarkastussuunnitelman ja päättää eduskunnalle annettavista kertomuksista sekä tarkastusohjeista.
VTV:n ylimpään johtoon kuuluvat pääjohtaja Tytti Yli-Viikarin lisäksi vaikuttavuusalueiden johtajat Matti Okko, (Kestävä julkinen talous) Anna-Liisa Pasanen (Hyvinvoiva ja turvallinen yhteiskunta), Jaakko Eskola (Toimiva tiedonhallinta), Heli Mikkelä (Kestävä hallinnon kehittäminen) sekä hallinnosta ja resursseista vastaava johtaja Tuula Sandholm.
