Tarkastusvirastoa johtaa eduskunnan valitsema pääjohtaja, jonka toimikausi on kuusi vuotta.
Kaudella 2016–2021 tarkastusviraston pääjohtajana toimii Tytti Yli-Viikari. Pääjohtaja vahvistaa tarkastussuunnitelman sekä päättää eduskunnalle annettavista kertomuksista ja tarkastusohjeista.
Tarkastusviraston johtoon kuuluvat pääjohtajan lisäksi vaikuttavuusalueiden johtajat, oppimiskeskusten johtajat, hallinnosta ja resursseista vastaava johtaja, oikeudellisista asioista ja viraston johtamisjärjestelmästä vastaava johtaja sekä digitalisaatiojohtaja.
Vaikuttavuusalueiden johtajat:
Matti Okko (Kestävä julkinen talous)
Heli Mikkelä (Kestävä hallinnon kehittäminen)
Anna-Liisa Pasanen (Hyvinvoiva ja turvallinen yhteiskunta)
Jaakko Eskola (Toimiva tiedonhallinta)
Oppimiskeskusten johtajat:
Riitta-Liisa Heikkilä (Tulevaisuuden talous)
Pirkko Lahdelma (Digitalisaatio)
Leena Juvonen (Menetelmät)
Heli Nikander (Vaikuttava asiakastyö)
Hallinnosta ja resursseista vastaava johtaja: Tuula Sandholm
Oikeudellisista asioista ja viraston johtamisjärjestelmästä vastaava johtaja: Mikko Koiranen
Digitalisaatiojohtaja: Miikka Saarteinen