VTV:tä johtaa eduskunnan valitsema pääjohtaja, jonka toimikausi on kuusi vuotta. Pääjohtajana toimii kaudella 2016–2021 Tytti Yli-Viikari. Pääjohtaja vahvistaa tarkastussuunnitelman ja päättää eduskunnalle annettavista kertomuksista sekä tarkastusohjeista.
VTV:n johtoryhmään kuuluvat pääjohtaja Tytti Yli-Viikarin lisäksi ylijohtaja Marjatta Kimmonen, ylijohtaja Marko Männikkö ja hallintojohtaja Mikko Koiranen.
