Ohjausjärjestelmä antaa kokonaisuudessaan riittävät edellytykset toiminnan tuloksellisuudelle ja vastuun toteamiselle. Tarkastuksen pääkysymyksenä oli, onko puolustusministeriön hallinnonalan ohjausjärjestelmä riittävä tuottamaan ja varmistamaan hallinnonalan tuloksellisuuden. Tarkastuskysymys jaettiin edelleen viiteen osaan, jotka käsittelivät suunnittelua, johtamista, raportointia, laskentatointa ja arviointijärjestelmiä sekä sisäistä valvontaa. Tarkastuksessa ei siis arvioitu varsinaisen hallinnon toiminnan tuloksellisuutta, vaan keskityttiin hallinnonalan ohjauksen järjestämiseen ja ohjaustapoihin.
Kategoriat