Työjärjestyksessä säädetään tarkastusviraston organisaatiosta sekä vastuiden ja tehtävien hoitamisesta.
Työjärjestys sisältää säännökset tarkastusviraston johtamisesta ja johtamisfoorumeista sekä asioiden valmistelusta ja ratkaisemisesta. Lisäksi työjärjestyksessä säädetään muun muassa tarkastusta ja valvontaa koskevien ohjeiden ja määräysten antamisesta, uhkasakon tuomitsemisesta ja uhkasakkolautakunnasta, tieteellisestä neuvostosta, yhteistoiminnasta sekä viroista ja virkojen kelpoisuusvaatimuksista.
Viraston uusi työjärjestys astui voimaan 1.1.2023.