Strategia sisältää linjaukset siitä, miten tarkastuksia kohdennetaan, mitä ovat tarkastus-, valvonta- ja asiantuntijatoiminnan tavoitteet ja miten toimintaa kehitetään. Tarkastusviraston strategia täsmennetään konkreettisiksi suunnitelmiksi tarkastussuunnitelmassa, toiminta- ja taloussuunnitelmassa ja tulostavoitteissa, jotka laaditaan vuosittain. Tarkastukset perustuvat tarkastussuunnitelmaan virastosta annetun lain mukaisesti.

Johdon tuki -yksikön suunnittelutoiminto valmistelee muiden yksiköiden kanssa ehdotukset strategisiksi linjauksiksi, tarkastussuunnitelmaksi ja tulostavoitteiksi, jotka puolestaan tarkastusviraston johto hyväksyy. Suunnittelutoiminto valmistelee myös valtiontalouden kokonaistaloudelliset riskianalyysit ja toimintaympäristöanalyysit tarkastussuunnittelua varten. Hallintoyksikkö valmistelee vuosittain viraston toiminta- ja taloussuunnitelman sekä tilinpäätöksen.