Strategia sisältää linjaukset siitä, miten tarkastuksia kohdennetaan, mitä ovat tarkastus-, valvonta- ja asiantuntijatoiminnan tavoitteet ja miten toimintaa kehitetään. Tarkastusviraston strategia täsmennetään konkreettisiksi suunnitelmiksi tarkastussuunnitelmassa, toiminta- ja taloussuunnitelmassa ja tulostavoitteissa, jotka laaditaan vuosittain. Tarkastukset perustuvat tarkastussuunnitelmaan virastosta annetun lain mukaisesti.

Johdon tuki -yksikön suunnittelutoiminto valmistelee muiden yksiköiden kanssa ehdotukset strategisiksi linjauksiksi, tarkastussuunnitelmaksi ja tulostavoitteiksi, jotka puolestaan tarkastusviraston johto hyväksyy. Suunnittelutoiminto valmistelee myös valtiontalouden kokonaistaloudelliset riskianalyysit ja toimintaympäristöanalyysit tarkastussuunnittelua varten. Hallinto-yksikkö valmistelee vuosittain viraston toiminta- ja taloussuunnitelman sekä tilinpäätöksen.