Erityisopetus painottuu nykyisin perusopetuksen viimeisiin vuosiin. Tarvetta erityiseen tukeen ja oppimäärien yksilöllistämiseen viimeisillä luokilla tulisi pyrkiä vähentämään varhaisemmalla puuttumisella sekä osa-aikaisella erityisopetuksella.
Erityisopetuksen oppilaiden määrä on kasvanut vuosina 2001–2010 noin 60 prosenttia. Eri ikäryhmät ovat olleet erilaisessa asemassa erityisopetuksen suhteen koko perusopetuksen ajan viime vuosia lukuun ottamatta. Myös kuntien väliset erot erityisoppilaiden osuudessa ovat kasvaneet erityisoppilaiden määrän kasvaessa. Oppimisvaikeuksiin tarjottu tuki vaihtelee tarkastuksen tulosten perusteella kunnittain. Kuntien varallisuus vaikuttaa etenkin lievin perustein annettuun tukeen. Tukijärjestelmää tulisi kehittää niin, että oppilaan oikeus saada tukea toteutuu koko maassa tasavertaisesti.
Samalla kun erityisoppilaiden määrä on kasvanut, myös yksilöllistettyä oppimäärää suorittavien oppilaiden osuus on kaksinkertaistunut perusopetuksen päättövaiheessa. Yksilöllistetyn oppimäärän suorittaneiden oppilaiden siirtyminen toisen asteen opintoihin ja työelämään on heikompaa kuin muiden oppilaiden. Tukijärjestelmää kehitettäessä pitäisi huolehtia siitä, että varhaisella puuttumisella ja osa-aikaisella erityisopetuksella saataisiin vähennettyä tarvetta erityiseen tukeen ja oppimäärien yksilöllistämiseen perusopetuksen viimeisillä luokilla.
Perusopetuksen rahoitusjärjestelmä perustuu oletukselle, ettei erityisopetuksen tarve vaihtele kuntien välillä. Tarkastuksen tulosten perusteella kuitenkin erityisoppilaiden sosioekonominen tausta on keskimäärin heikompi kuin muiden oppilaiden. Siten alueilla, joissa väestön sosioekonominen tausta on heikompi, myös tuen tarve voi olla suurempi. Kuntien peruspalvelujen valtionosuusjärjestelmän uudistamisen yhteydessä olisi hyvä arvioida sosioekonomisten indikaattoreiden soveltuvuutta perusopetuksen valtionosuuksien laskennassa.
Erityisopetuksen tilastointi on puutteellista. Oppilaille tarjotusta tuesta ja tukeen suunnatuista resursseista sekä niiden vaikuttavuudesta ei näin ollen ole saatavilla riittävästi tietoa. Tilastointia tulisi parantaa, jotta nämä epäkohdat saadaan korjattua.